L’Influenza Aviaire Hautement Pathogène menace la biodiversité subantarctique dans le sud de l’Océan Indien

Depuis 2020, l'épizootie1  d'influenza aviaire hautement pathogène (HPAI) du virus H5N1, appartenant à la souche 2.3.4.4b, s’est imposée comme la plus vaste panzootie2  jamais documentée. Elle a entraîné des mortalités sans précédent chez les mammifères marins et les oiseaux de mer, notamment les manchots royaux et les grands albatros, et a touché très fortement les jeunes éléphants de mer. 

Une étude menée par des chercheurs du Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE - CNRS/EPHE/IRD/Univ Montpellier) a permis de documenter l’arrivée du virus dans les archipels subantarctiques de Crozet et Kerguelen, dans le sud de l'océan Indien, où il a été détecté pour la première fois en octobre 2024.

A partir d’échantillons prélevés sur des carcasses d'éléphants de mer austral et d'oiseaux marins, les auteurs ont caractérisé 25 nouvelles séquences virales du HPAI H5N1. Des analyses phylogéographiques, combinant l’étude génétique du virus et ses mouvements et évolutions dans le temps et l'espace, montrent qu’il a été introduit indépendamment dans les îles Crozet et Kerguelen. Contrairement aux hypothèses initiales, cette introduction ne proviendrait pas des côtes sud-africaines, mais très probablement des îles de la Géorgie du Sud, situées à plus de 5000 km dans l'Atlantique Sud. Ces résultats soulignent une lacune d'un an dans la surveillance génomique de la région subantarctique. 

En outre, ces travaux révèlent que le virus se transmet localement entre espèces, mais aussi entre oiseaux et mammifères. Des analyses sérologiques montrent également que certains éléphants de mer ont développé une réponse immunitaire humorale contre le virus, avec la présence d’anticorps anti-H5. 

Alors que ces derniers reviennent actuellement sur les zones de reproduction dans l’océan austral, il reste difficile d’anticiper l’évolution de la nouvelle saison de reproduction. Les équipes de biologistes se mobilisent pour évaluer les conséquences des épisodes mortels observés en 2024 et détecter d’éventuelles nouvelles émergences du virus. 

Photo bandeau haut de page : Biologiste réalisant un test de détection de virus de l'influenza aviaire à partir d'un échantillon collecté sur un cadavre d'éléphant de mer austral dans l'archipel Crozet, au sud de l'Océan Indien. L’analyse des séquences d'ARN viral ont montré leur proximité avec des virus détectés l'année précédente en Géorgie du Sud, plus de 5000 km à l'ouest. © Mathilde LEJEUNE

• 1 L'épizootie est une maladie qui frappe simultanément un grand nombre d'animaux de même espèce ou d'espèces différentes en un court laps de temps, dans une région donnée
• 2La panzootie est une épizootie d'une maladie infectieuse qui peut se propager sur tous les continents et qui affecte plusieurs espèces ou toutes les espèces animales.

Laboratoires CNRS impliqués 

• CEFE - Centre d'écologie fonctionnelle et évolutive (CEFE - CNRS/EPHE/IRD/Univ Montpellier)
• CEBC - Centre d’études biologiques de Chizé (CEBC - CNRS/ La Rochelle Université)

Référence de la publication

Clessin, A., Briand, F., Tornos, J., Lejeune, M., De Pasquale, C., Fischer, R., Souchaud, F., Hirchaud, E., Hong, S. L., Bralet, T., Guinet, C., McMahon, C. R., Grasland, B., Baele, G., & Boulinier, T. (2025). Circumpolar spread of avian influenza H5N1 to southern Indian Ocean islands. Nature Communications, publié le 29 septembre 2025